Сильно переработанная C3 — С4 была представлена в 1991 году. Новая модель в производстве с декабря 1990 (седан) и с августа 1991 (универсал) по июнь 1994. Audi V8 на платформе C3 продолжала продаваться как отдельная линейка. Основным изменением C4 был двигатель объёмом 2,8 л. V6 90°, SOHC, 12-клапанный. Позднее добавился 2,6 л. вариант V6, 60°. По сути, это были те же самые двигатели, которые предлагались в 1992 году в Audi 80 B4. Опция в виде постоянного полного привода quattro была доступна для всего модельного ряда, Audi 100 quattro была доступна с 4-ступенчатой ZF автоматической коробкой передач.

С 1995 модельного года Audi опускает из названия модели число «100» и переименовывая автомобиль в Audi A6. Кроме этого, на место S4 приходит S6, однако эти модели были независимы друг от друга после того, как Audi в 1995 году заменила Audi 80 на Audi A4. Audi V8, в итоге, был заменён Audi A8 в 1994 году.

Текущий дизайн Audi 100 сохранялся до 1997 года, когда был заменён полностью новым дизайном Audi A6. Всего с 1990 по 1997 год было выпущено около 927,000 автомобилей Audi 100/A6.